1918 ד"ר הנרי קלר, אורתופד אמריקאי, מבקר בישראל שלפני הקמת המדינה כחלק ממשלחת רפואית כדי לספק טיפול רפואי בתגובה לצורכי הבריאות של האזור.

1931 ד"ר קלר פותח מרפאה ברחוב המלך ג'ורג' בירושלים לטיפול בילדים הזקוקים לשירותים אורתופדיים. 1918 ד"ר הנרי קלר, אורתופד אמריקאי, מבקר בישראל שלפני קום המדינה כחלק ממשלחת רפואית כדי לספק טיפול רפואי בתגובה לצורכי הבריאות של האזור.

בשנת 1934 ד"ר קלר הקים עמותה בניו יורק בשם "החברה לעזרה לנכים בארץ ישראל בע"מ", ששמה שונה מאוחר יותר ל"ידידי בית החולים האמריקאים של ALYN".

אמצע שנות ה-50 בעיצומה של מגפת הפוליו, משרד הבריאות שינה את ייעודו של המנזר האורתודוקסי לשעבר של סן סימון לבית החולים ALYN, שם הוא מטפל ומחנך כ-200 ילדים חולי פוליו.

שנות ה-70 הוצגה הידרותרפיה, המציעה יתרונות רבים בכל הנוגע לניהול מתחים, הקלה על כאבי מפרקים ושיפור טווח התנועה. ALYN ייחודית בכך שהיא מסוגלת לספק לילדים המשתמשים במכונות הנשמה טיפולי הידרותרפיה.

1971 בית החולים המשפחתי אלי"ן וולדנברג נפתח בשכונת קריית יובל בירושלים, במימון חלקי של תרומה נדיבה של מלקולם ודורותי וולדנברג.

1979 אלי"ן מטפלת בילדה הראשון התלוי במכונת הנשמה, מה שהוביל להקמת מחלקת שיקום נשימתי בעלת שם עולמי כיום.

1984 ד"ר שירלי מאייר מונתה למנהלת הכללית הראשונה במשרה מלאה של בית החולים ALYN.

2000 מרוץ האופניים הראשון של "גלגלי האהבה" נערך למען ילדי בית החולים ALYN. המרוץ זכה להצלחה מסחררת וגייס למעלה מ-67,000 דולר.

2001 ALYN פותחת את שכונת המגורים העצמאיים (ILN), אגף מגורים המאפשר לצעירים התלויים במכונת הנשמה לחיות בעצמאות מסוימת.

2004 נפתחת מרפאת שיקום האכלה, התומכת במשפחות המתמודדות עם תינוקות וילדים עם בעיות האכלה ובכך משפרת את איכות החיים.

2004 שחר, מעון היום החינוכי של אלי"ן, פותח את שעריו.

2005 טיפול בעזרת בעלי חיים הופך לפרויקט רשמי.

2005 טיפול בליצנים, המכונה גם טיפול בהומור, נוסף לרשימה הארוכה של טיפולים מהנים של ALYN, והופך את הטיפול ל"משחק" ולא ל"עבודה".

2011 ד"ר מוריט בארי מונתה למנהלת הכללית של בית החולים ALYN, תפקיד שהיא ממשיכה לכהן בו.

בשנת 2014 נוסף טיפול באמנות כדרך נוספת לילדים לבטא את עצמם ולהחלים.

בשנת 2015 הוצגה שיטת טיפול בעזרת כלבים, התורמת לבריאות הנפשית של ילדים תוך הפחתת כאב וחרדה.

בשנת 2017 נוסדה ALYNnovation כדי להקל על חדשנות בטכנולוגיות מסייעות, החל משלב הפיתוח ועד להפצה.

בשנת 2018, PELE (ציוד מותאם אישית המוביל להעצמה) מתחילה ביצירת ציוד אדפטיבי לילדים המתמודדים עם אתגרים בעצמאות בפעילויות היומיומיות.

2019 נפתחת מעבדת ניתוח התנועה של ALYN, היחידה בישראל המשמשת להערכת ילדים ותכנון קליני.

2019 הושקה תוכנית "לבני האהבה", המאפשרת לתורמים לכבד משפחה, חברים ואירועים מיוחדים בחייהם על ידי הצבת אבן ריצוף אישית בגינת בית החולים ALYN.

בשנת 2020 משיקה AFAH את Engage in Empathy, תוכנית מבוססת STEM המשתמשת בלמידה מבוססת פרויקטים כדי לחבר תלמידי חטיבת ביניים לבית החולים ALYN.

2021 מרכז שיקום האכלה מוסיף את מערכת הווידאו-פלואורוסקופיה המשמשת במחקרי בליעה.

2021 מרוץ Wheels of Love: USA הראשון יתקיים במוריסטאון, ניו ג'רזי, משך 141 רוכבים וגייס 121,435.21 דולר.

2021 מחלקת שיקום נשימתי עוברת שיפוצים ושדרוגים נרחבים.

2023-2024 בית החולים אלי"ן מצטרף למאמץ המלחמתי הלאומי על ידי יצירת פתרונות אדפטיביים עבור מפונים, חיילים פצועים ומבוגרים צעירים.